高新技术企业认定证书除了是企业的一张“名片”，还可以给企业带来实实在在的好处“税收减免”。所以，并不是拿到高新技术企业认定证书后万事大吉了，还需要进行证书的使用管理及年检申报等工作。高新证书的使用管理包括：
- 高新证书变更管理；
- 高新税收减免申报；
- 应对管理部门的“随机抽查和重点检查”；
- 高新技术企业年度数据填报；
- 高新技术企业认定证书到期后的复评以及为复评做的准备工作。
依据《高新技术企业认定管理办法》，已经获得高新技术企业认定证书的企业在遇到以下情况时应当申请高新证书的变更。
一、高新技术企业名称变更
高新技术企业发生名称变更，因为不涉及到与高新技术企业认定条件相关的重大变化，所以这个变更相对来讲比较容易办理，在更名后三个月内，向当地高新技术企业认定主管机构提交《高新技术企业名称变更申请表》后，由认定机构在本地区公示10个工作日，无异议的，由认定机构重新核发认定证书，编号与有效期不变，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
注：在换发信息的高新证书后为了不影响企业退税，还需要财务人员向归口的税务主管部门进行重新报备。
二、发生与认定条件有关的重大变化
当高新技术企业发生与认定条件有关的重大变化，如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等，应在发生之日起三个月内向认定机构报告，在“高新技术企业认定管理工作网”上提交，并将打印出的《高新技术企业名称变更申请表》与相关证明材料报认定机构，由当地高新认定机构负责审核企业是否仍符合高新技术企业条件。
有异议的或有重大变化的（无论名称变更与否），由认定机构按《高新技术企业认定管理办法》第十一条（高新技术企业认定条件）进行核实处理，不符合认定条件的，自更名或条件变化年度起取消其高新技术企业资格，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
注：对于有重大变化的高新技术企业变更申请及复核，实际上就相当于“重新申请”。
三、高新技术企业异地搬迁
- 《高新技术企业认定管理办法》第十八条中整体迁移是指符合《中华人民共和国公司登记管理条例》第二十九条 所述情况。
- 跨认定机构管理区域整体迁移的，高新技术企业须向迁入地认定机构提交有效期内的《高新技术企业证书》及迁入地工商等登记管理机关核发的完成迁入的相关证明材料。
- 完成整体迁移的，其高新技术企业资格和《高新技术企业证书》继续有效，编号与有效期不变。由迁入地高新认定机构给企业出具证明材料，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
【注释】：
对于异地搬迁的高新技术企业高新证书变更有两个关键词 “整体搬迁和迁入地高新认定机构证明”。
- 整体搬迁：
- 《中华人民共和国公司登记管理条例》第二十九条内容为“第二十九条 公司变更住所的，应当在迁入新住所前申请变更登记，并提交新住所使用证明。公司变更住所跨公司登记机关辖区的，应当在迁入新住所前向迁入地公司登记机关申请变更登记；迁入地公司登记机关受理的，由原公司登记机关将公司登记档案移送迁入地公司登记机关。”
- 这里面仅仅强调了工商注册登记变更，并没有关于高新技术企业认定条件的描述，例如：某高新技术企业原注册地在北京，现在整体搬迁去了武汉，那么，与高新技术企业认定条件相关的“人员”一项就有可能会发生变化。如果该企业还想继续保留现有的高新技术企业认定证书，就需要在武汉并且在规定时间内招聘到“符合高新技术企业认定条件”人员。
- 迁入地高新认定机构证明：
迁入地《高新认定机构证明》其实并不好开，从原则上来讲，能拿到《高新认定机构证明》就相当于又在当地重新申请了一遍高新技术企业认定。
【总结】
关于高新技术企业认定证书的变更，也就是企业名称变更后换发新证比较容易，凡是涉及到“与高新技术企业认定条件相关的”变更都比较麻烦，跟重新认定差不多。
