高新技术企业认定证书除了是企业的一张“名片”，还可以给企业带来实实在在的好处“税收减免”。所以，并不是拿到高新技术企业认定证书后万事大吉了，还需要进行证书的使用管理及年检申报等工作。高新证书的使用管理包括：
- 高新证书变更管理；
- 高新税收减免申报；
- 应对管理部门的“随机抽查和重点检查”；
- 高新技术企业年度数据填报；
- 高新技术企业认定证书到期后的复评以及为复评做的准备工作。
《高新技术企业认定管理办法》第十六条，“对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。”每一个已经获得了高新技术企业认定证书的都应该做好应对管理部门“随机抽查和重点检查”的准备。具体由什么部门来检查和抽查、检查哪些内容，本文将详细说一下高新企业该如何应对高新检查和抽查。
一、有权对高新技术企业进行抽检的主管部门
有权检查的主管部门：科技、财政、税务、环保、质量/安监、审计等部门。
二、对高新技术企业抽检的要点
- 科技部门：
（1）技术领域是否属于管理办法或工作指引中的领域；
（2）专利权属及专利时效确认；
（3）主要产品（服务）收入占高新收入比例是否超过50％；
（4）申报前后各期数据对比及与高新年报数据对比。
（5）申报材料各项指标核对。
- 财政部门：
（1）每年定期对承担高企审计的事务所进行风险检查，并抽选部分企业进行延伸检查；
（2）会计师事务所行业协会自律检查。
- 税务部门：
（1）申报材料与税务申报数据是否有冲突
（2）高企认定税收优惠备案检查；
（3）研发费用加计扣除备案检查；
（4）其他相关税务检查。
- 环保部门：
（1）是否存在环评风险；
（2）是否存在严重环境违法行为。
- 质量/安监部门：
（1）是否存在重大质量、重大安全事故。
- 审计部门：
（1）针对行政公职人员渎职、受贿等违法行为的延伸检查；
（2）国有企业自身的定期审计检查。
三、高新技术企业需存档的备查资料
（1）知识产权证书
（2）科技成果转化证明材料
（3）研发活动证明材料
（4）研发费用明细账及相关凭证
（5）高新收入证明材料
（6）科技人员证明材料
（7）产学研合作证明材料
（8）检查部门要求的其他资料
四、高新技术企业的备查要点
1、知识产权方面：
（1）企业要提供认定申请时已经拥有的有效知识产权证明，证明知识产权所有权属于企业；
（2）从通过受让、受赠和并购方式获得的知识产权必须与企业的主要产品（或高新技术产品）必须是有关联的，且要提供国家知识产权局相关部门出具备案等证明材料；
（3）清晰说明知识产权所保护技术的行业先进性进行说明
（4）清晰说明知识产权对那些产品（服务）生产发挥了核心支撑作用。
2、企业技术领域方面：
（1）企业的高新技术产品（服务）所采用的核心技术是对提高产品性能、提升产品质量或提升产品竞争力起主要作用的技术，该核心技术符合《国家重点支持的高新技术领域》。
（2）企业应提供与申报书中高新技术产品表格内容相对应的的产品实物，提供能说明产品的主要性能、关键技术和技术创新点的产品检测报告、专家鉴定意见、获奖证书等相关证明材料。
3、科技人员比例方面：
（1）企业须提供申请认定时在职职工人员证明材料（如企业财务部分下发的工资证明、人事社保部门提供的社保人员证明等）；
（2）科技人员名单及其从事技术活动证明。
（3）对离职的科技人员要能够给予说明。
4、研发费用比例方面：
（1）研发项目立项时应设置研发支出专账或辅助账，核算各研发项目的各支出明细科目费用，以此作为研发费用专项审计依据，以备核查；
（2）明确研发费用归集边界，制定公用共用费用分摊依据原则，准确归集各项目的研发费用，特别是研发人员的工资、研发仪器设备、场地、水电暖等共用公用费用的归集和个项目之间做清晰准确分摊说明；
（3）要注意研发费用归集的合理性。企业对经过专项审计按研发项目建立的研发费用的各项支出，都要给予尽可能具体的说明，特别是对一些数额较大的原材料、仪器设备等支出费用要说明其在哪个研发项目的具体用途。要说明研发费用归集是用于项目研发过程的相关环节。
（4）研发费用归集各项费用核算的比例要符合《工作指引》中对研发费用归集的要求。
（5）企业在国内发生的研发费用占总费用的比例要在60％以上。
（6）企业委托外部研究开发费用按80％计入研发费用总额。
5、认定条件高新技术产品（服务）比例：
（1）高新技术产品（服务）收入和企业当年总收入以专项审计报告为准；
（2）高新技术产品（服务）收入归集前提是，对应的产品是由《国家重点支持技术领域》的技术应用生产而获得的；
（3）明确各高新技术产品（服务）的归集分类依据，说明清晰，科学合理。
6、企业管理及科技成果转化等方面
【注释】
- 在检查后被取消了高新技术企业资格的企业，还得追缴所得税减免税款及其他已享受的政策。
- 做好备查工作是每一个高新技术企业都必须要重视的事情。
- 高新技术企业认定的申报材料，企业手里必须要有原件留存，并且要按照高新技术企业申报条件的要求做好每一年度的高新管理工作。
